Class SurfaceGenerator

java.lang.Object
org.jmol.jvxl.readers.SurfaceGenerator

public class SurfaceGenerator extends Object
  • Field Details

    • params

      public Parameters params
    • jvxlData

      public JvxlData jvxlData
    • meshData

      public MeshData meshData
    • volumeDataTemp

      public VolumeData volumeDataTemp
    • meshDataServer

      public MeshDataServer meshDataServer
    • atomDataServer

      public AtomDataServer atomDataServer
    • marchingSquares

      public MarchingSquares marchingSquares
    • version

      public String version
    • isValid

      public boolean isValid
    • fileType

      public String fileType
    • bsVdw

      public javajs.util.BS bsVdw
    • colorPtr

      private int colorPtr
    • surfaceReader

      private SurfaceReader surfaceReader
    • out

      private javajs.util.OC out
    • readerData

      private Object readerData
    • vAB

      private final javajs.util.V3 vAB
    • vNorm

      private final javajs.util.V3 vNorm
    • ptRef

      private final javajs.util.P3 ptRef
  • Constructor Details

  • Method Details

    • setJvxlData

      public void setJvxlData(JvxlData jvxlData)
    • setProp

      public boolean setProp(String propertyName, Object value, javajs.util.BS bs)
      Parameters:
      propertyName -
      value -
      bs -
      Returns:
      TRUE if handled
    • newReader

      private SurfaceReader newReader(String name)
    • newReaderBr

      private SurfaceReader newReaderBr(String name, BufferedReader br)
    • getInterface

      private static Object getInterface(String name)
    • getSurfaceSets

      private void getSurfaceSets()
    • processState

      private void processState()
    • setReader

      private boolean setReader()
    • generateSurface

      private void generateSurface()
    • mapSurface

      private void mapSurface()
    • colorIsosurface

      void colorIsosurface()
    • getProperty

      public Object getProperty(String property, int index)
      only called from org.openscience.jvxl.Jvxl.main
      Parameters:
      property -
      index -
      Returns:
      Object
    • setFileData

      private SurfaceReader setFileData(Viewer vwr, Object value)
      Parameters:
      vwr -
      value -
      Returns:
      SurfaceReader
    • getReaderData

      Object getReaderData()
    • initializeIsosurface

      void initializeIsosurface()
    • initState

      public void initState()
    • setLcao

      public String setLcao()
    • getFunctionZfromXY

      private void getFunctionZfromXY()
    • distanceVerticalToPlane

      private float distanceVerticalToPlane(float x, float y, javajs.util.P3 pta, javajs.util.P3 ptb, javajs.util.P3 ptc)
    • findNearestThreePoints

      private static float findNearestThreePoints(float x, float y, float[][] xyz, int[] result)
    • addRequiredFile

      public void addRequiredFile(String fileName)
    • setRequiredFile

      public void setRequiredFile(String oldName, String fileName)
    • log

      void log(String msg)
    • setOutputChannel

      void setOutputChannel(javajs.api.GenericBinaryDocument binaryDoc, javajs.util.OC out)
    • fillAtomData

      void fillAtomData(AtomData atomData, int mode)
    • getOriginVaVbVc

      public javajs.util.V3[] getOriginVaVbVc()